正当Keroro团队迈向电视动画的第四年时，他们的第二部剧场版《超级剧场版Keroro的深海公主，是的！》即将于3月17日在日本开播。在第一部宣扬最高级别“友谊”的剧场版结束后，这部剧场版将大力宣扬家庭的大爱。最后，水行星马龙开始入侵地球。马龙的最后一个后裔梅鲁王子和他的随行人员马鲁在一起生活了两年，他们决定重建他们的世界，因此他们开始寻找公主的候选人。被选中的是玄南宗家的长女，她住在Keroro的小团队里！Keroro和他的团队开始向深海所在的秘密王国出发，营救被绑架的夏梅。